D. António Francisco saúda Bento XVI, em Fátima, no dia 12 de maio de 2010. Momentos antes falara ao Papa em nome do clero português. “Sabemos, Santo Padre, que é simultaneamente longo e apaixonante este caminho de profecia e de santidade a percorrer e exigente a missão que Jesus nos confia para vivermos segundo o coração de Deus, como mensageiros da esperança e da alegria, da paz e da reconciliação”, disse o Bispo de Aveiro, que na altura presidia à Comissão Episcopal do Clero.
Em Roma, no dia 21 de setembro de 2006, no momento em que foi tornada pública a nomeação de D. António Francisco como Bispo de Aveiro.
Outubro de 2006. D. António Marcelino, em Roma por causa de um encontro de escolas católicas, é saudado pelo Papa.
Novembro de 2007. Encontro do Papa com os dois bispos de Aveiro, na “visita ad limina”, que todos os bispos fazem ao Bispo de Roma, em geral de cinco em cinco anos. Sobre este encontro, D. António Francisco contou publicamente que, sentindo-se algo retraído por não dominar o italiano, ouviu do Papa: “Vamos falar em francês, porque sei que estudou filosofia em França”. Foi uma atitude que o Bispo de Aveiro muito apreciou e possibilitou “uma partilha muito interessante”.
Registe-se ainda a conversa entre o vigário-geral da Diocese de Aveiro e o Papa. Foi na audiência geral de 20 de julho de 2007. Mons. João Gaspar disse ao Papa que provinha de Aveiro, “entre o Porto e Coimbra”. E acrescentou: “Não se esqueça de Fátima”. Bento XVI sorriu e, em espanhol respondeu: “Já falei de Fátima no Brasil”. Haveria de ir a Fátima passados três anos.