Na comemoração dos fiéis defuntos, Bento XVI desceu às Criptas Vaticanas, para se recolher em um momento de oração, em particular, em sufrágio dos papas ali sepultados e de todos os falecidos.
As criptas vaticanas são situadas sob a Basílica de São Pedro. Ali estão sepultados vários papas, entre eles, Bento XV, Paulo VI, João Paulo I e João Paulo II.
O Papa Karol Wojtyla ocupa o lugar no qual esteve sepultado, durante trinta anos, o beato Papa João XXIII, cujos restos mortais foram transladados das criptas em 3 de Junho de 2001, poucos meses depois de ser beatificado, para altar de São Jerónimo, a fim permitir um maior acesso aos fiéis devotos.
Junto à tumba de Paulo VI, está o lugar que os arqueólogos estabeleceram como local do túmulo do apóstolo São Pedro, primeiro bispo de Roma, justamente sob o altar maior da Basílica.