O P.e João Alves concluiu em Roma, na Universidade Gregoriana, a licenciatura canónica em Teologia Pastoral e a pós-graduação em Formação Sacerdotal, com a apresentação da tese “A caridade pastoral como princípio e fim do caminho formativo no âmbito da formação presbiteral”. Após estes dois anos de estudos na “cidade eterna” (2007-2009), o sacerdote regressa à diocese, integrando a equipa formadora do Seminário de Aveiro.
