Bento XVI procedeu a mudanças de peso na Comissão Pontifícia «Ecclesia Dei», criada por João Paulo II em 2 de Julho de 1988, após o gesto cismático das ordenações episcopais presididas pelo arcebispo Marcel Lefebvre. O Papa nomeou como novos membros três dos Cardeais criados no último consistório: D. William Joseph Levada, prefeito da Congregação para a Doutrina da Fé; D. Jean-Pierre Ricard, Arcebispo de Bordéus e presidente da Conferencia Episcopal da França; D. Antonio Cañizares, Arcebispo de Toledo e Primaz da Espanha.
Segundo algumas fontes, o Papa poderá em breve levantar a excomunhão de João Paulo II, datada de 1988, contra os Bispos da Fraternidade.